Le pteridofite (felci, equiseti e licopodi) sono una divisione estremamente antica del regno vegetale alla quale appartengono le piante prive di fiori, che si diffondono tramite spore e non semi. Sono state le prime a evolversi sulla terra con tessuti ben vascolarizzati e distinti in foglie, fusti e radici. L’Orto ne coltiva alcuni esemplari: tra le felci per esempio Marsilea quadrifolia, molto rara in Italia oppure Dicksonia antarctica, dalle maestose dimensioni; tra gli equiseti sono presenti alcune specie italiane come Equisetum hyemale dai fusti eretti che si elevano fino a qualche decimetro di altezza formando una curiosa architettura verde.
Da qualche anno l’Orto sta dando sempre più importanza alle specie della flora autoctona lombarda a cui ha dedicato un’aiuola. Alcune come Allium suaveolens, Armeria arenaria, Agrostemma githago sono piante ormai rare in natura a causa delle bonifiche o delle colture intensive di cereali. Il tipo di allestimento è stato pensato in particolar modo per offrire uno spunto nella progettazione di uno spazio fiorito in giardini privati o sui terrazzi tramite l’utilizzo di specie autoctone in sostituzione delle specie di origine esotica, spesso invasive e a rapida riproduzione. L’Orto ha inoltre un ospite d’eccezione: lo sparviere milanese (Hieracium australe subsp. australe), l’unica pianta endemica di Milano che cresce esclusivamente sulle mura del Castello Sforzesco.
All’ombra del grande tiglio dell’Orto prosperano più di trenta ortensie. La collezione non è numerosa ma ben rappresenta il genere Hydrangea con specie spontanee e diverse cultivar. Sono provenienti dall’America come H. arborescens, H. quercifolia e dall’Asia come H. macrophylla, H. paniculata e H. heteromalla. Sono piante per la maggior parte arbustive legnose con portamento eretto; le più grandi possono raggiungere alcuni metri di altezza, le più piccole neanche uno. Alcune specie, come H. anomala subsp. petiolaris e la sempreverde H. seemannii, sono rampicanti.
Le peonie sono piante uniche dal punto di vista botanico: appartengono tutte al genere Paeonia, l’unico della famiglia delle Paeoniaceae. Le loro fioriture esplosive sono uno degli spettacoli più esaltanti della tarda primavera. Nell’Orto sono presenti specie sia erbacee provenienti da Europa e Asia sia arbustive, originarie di alcune province interne della Cina. Tra le prime spicca P. officinalis che cresce spontanea in Italia oppure l’asiatica P. lactiflora dai fiori abbondanti e il profumo intenso di cui sono esposte diverse cultivar. Tra le arbustive la più vigorosa è P. ostii con le varietà ‘Fenice bianca’ e ‘Fenice rosa’ dai fiori bianchi e gli organi riproduttivi dal caratteristico color porpora. Si differenzia da tutte le altre P. lutea, l’unica ad avere i fiori gialli.
Tra le collezioni che l’Orto ospita, la più ricca di biodiversità è quella dedicata al genere Salvia che annovera circa quaranta specie di varia origine, con notevole variabilità morfologica. Insieme alle specie native in Italia come S. glutinosa o S. verticillata, sono presenti salvie per esempio di origine tropicale che riescono ad adattarsi al clima di Milano, raggiungendo altezze di più di tre metri e sfoggiando fioriture dai colori vistosi come il blu intenso di S. guaranitica o il rosso sgargiante di S. elegans.