Il cuore dell’Orto Botanico è costituito dalle collezioni botaniche. Queste racchiudono specie vegetali conservate per il loro interesse scientifico, conservazionistico, ecologico, culturale e divulgativo. Le collezioni sono conservate in serra o all’aperto, e includono sia specie autoctone della flora lombarda e italiana che specie provenienti da diverse parti del mondo.

Una collezione è una raccolta di piante accomunate per ambiente di crescita e relativi adattamenti (come le piante succulente), per la loro affinità sistematica (come le Proteacee, le felci o le Bromeliacee), l’uso che ne fa l’uomo (piante tintorie, alimentari) o per particolari e sorprendenti strategie di sopravvivenza (le piante carnivore). Un particolare tipo di collezione dell’Orto Botanico Città Studi è rappresentato dalla ricostruzione di alcuni habitat naturali della Lombardia (link Visita-Percorso habitat).